1. 从《合作协议》的内容看，该协议为典型的对外贸易许可制度合同。我国在原实行对外贸易许可制度的情况下，外贸代理行为非常普遍。2004年7月1日施行的经修订的《中华人民共和国对外贸易法》虽然取消了对外贸易许可制度，但仍规定“对外贸易经营者可以接受他人的委托，在经营范围内代为办理对外贸易业务”。本案中，《合作协议》正是某股份公司作为受托人，某科技公司作为委托人，双方为实现合作出口货物目的而签订的外贸代理合同。该合同是双方当事人的真实意思表示，内容并不违反我国法律、行政法规的强制性规定，因此应当认定有效。
2.二审判决认定《合作协议》无效的理由主要有二：一是《合作协议》关于国有资产利益输出的合同目的非法;二是《合作协议》具有为不得申报办理出口退税的业务获取出口退税款的非法目的。关于第一点，根据《合作协议》，由某科技公司组织货源、收购出口产品并与外商确定出口事宜，仅是以某股份公司的名义对内签订收购合同、对外签订出口合同，事实上履约义务主要由某科技公司完成，某股份公司按外贸合同金额的一定比例向某科技公司收取管理费，委托人和受托人之间的权利义务并不失衡，这也是我国外贸代理制度下的一般做法，这样的贸易形式并不违反我国法律、行政法规的规定，因此，不能以此认为系国有资产利益输出进而认定合同目的非法。关于第二点，某股份公司并未举出充分的证据证明本案出口业务系其自营，而某科技公司举出了充分的证据证明其实际履行了内、外贸合同项下的主要义务，某股份公司在本案中的法律地位就是外贸代理合同中的受托人，而非自营出口方。出口退税是我国为鼓励出口而采取的措施，本案出口业务项下外贸合同实际履行且已履行完毕，有真实的货物出口，退税主体是与外商签订出口贸易合同的某股份公司，某股份公司因此获得出口退税符合我国法律、行政法规的规定。国税发〔2006〕24号文系部门规章，并非行政法规，且其主要目的是为了打击以 “四自三不见”方式从事假出口骗取退税款的行为，而本案并不存在没有真实货物出口而假冒出口、骗取国家出口退税款的情形。《合作协议》约定某股份公司在收到外贸合同项下的出口退税款后，在五个工作日内将全部退税款支付给某科技公司，是当事人之间就依法取得的出口退税款自愿处分的行为，并非以合法形式掩盖非法目的的行为。因此，二审判决认定合同无效缺乏事实和法律依据。
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